Kapucíni na Slovensku patrili pod Viedenskú provinciu až do konca 1. svetovej vojny. Po 1. svetovej vojne prišlo k rôznemu triedeniu. Keď po porážke Rakúsko - Uhorska poodchádzali bratia do Maďarska, na Slovensko prišlo pomáhať niekoľko bratov-kňazov z Holandska. Založili serafínsku školu a začali organizovať študentov. Tento stav trval až do roku 1934, kedy boli kapucíni na Slovensku pričlenení k Českej provincii.

Neskôr, za Slovenskej republiky bolo štátom nariadené, aby sa každá provincia osamostatnila. Vizitátor z Ríma, viedenský provinciál, nariadil osamostatnenie a zriadenie noviciátu a teologickej školy pre kapucínov na Slovensku. Zároveň povolal slovenských pátrov, ktorí ešte pôsobili v cudzine a takto začal existovať slovenský komisariát, ktorý bol zriadený ako prvá samostatná cirkevná jednotka. Po prvej svetovej vojne sa česká provincia usilovala o znovupričlenenie kláštorov slovenskej provincie pod jej správu. Ale nakoniec sa to nepodarilo.

Ďalší vizitátor - Belgičan páter Róbert Bentain - zariadil, že kapucíni na Slovensku zostali naďalej ako samostatný slovenský komisariát, ktorého predstaveným bol menovaný on sám. Slovenský komisariát existoval až do roku 1950, kedy sa pátrovi Róbertovi počas likvidácie kláštorov podarilo posledným lietadlom letiacim do Belgicka utiecť. Za svojho nástupcu ustanovil pátra Vojtecha Rajnera. Ten však riadil komisariát už len krátky čas. Po násilnej a úplnej likvidácii kláštorov komunistickou štátnou mocou už len v utajení...

Štyridsaťročné prenasledovanie

Štyridsaťročné prenasledovanie rehoľníkov na Slovensku začalo pre kapucínov 3. mája 1950. Bratia sa modlili matutínum (sviatok sv. Moniky) o 0.10 hod. v chóruse v Bratislave. Zrazu sa nahrnuli do kostola asi päťdesiati muži v uniformách žandárov i v civile. Chvíľu sa pozerali ako sa modlia a naraz silný muž v civile zakričal: "Dosť! Z nariadenia vlády ste odtiaľto premiestnení." V chóruse bolo asi 12 až 15 bratov, v celom dome 30. Ku každému sa pridali dvaja z tých, čo prepadli kláštor a viedli každého do svojej cely. V priebehu dvadsiatich minút si mohli bratia zbaliť do kufríka najnutnejšie veci, zhromaždiť v refektári a nakoniec ich odviedli na dvor do troch autobusov, ktoré tam stáli pripravené. Všade bola tma, ticho, námestie bolo prázdne.

V kláštore nechali len predstaveného a troch bratov. V Pezinku ostali traja kapucíni (Sahulčík, Horváth a Klúčnik). Ostali tam ešte skoro dva roky, potom však aj ich odviedli do tábora v Králikoch (Čechy). Boli deportovaní v marci 1952. Ostatných rozdelili tak, že do dvoch autobusov vzali klerikov a odviezli ich rovno na stavbu priehrady v Púchove (Nosice). Ostatných bratov odviezli do koncentračného tábora vo Sv. Beňadiku. Tam už boli sústredení Františkáni, Verbisti, Piaristi a Lazaristi. Kapucínov umiestnili medzi Františkánov. Každý mal na zemi dva štvorcové metre. Všetci boli natlačení jeden vedľa druhého a bratia si mohli pod hlavu dať len kufrík. Ráno všetkých vyviedli do veľkej záhrady, kde bola zima.

Debatovalo sa, čo bude ďalej. Dali im monterky a chodilo sa pracovať. Tam sa dalo aspoň najesť a bratia Františkáni zohnali aj nejakú salámu. Po štvrtej hodine po obede bolo voľno, všetci sa mohli modliť a zúčastniť sa sv. omše. Kontakt s Bratislavou sa však nepodarilo nadviazať. Potom začalo rozdeľovanie. Niekoľkých bratov transportovali do Malaciek. Malo to byť "preškolenie", ktoré končilo na fare. Bolo však neúspešné. A tak asi o dva mesiace ich naložili do autobusu a zaviezli do tzv. kárneho tábora v Podolinci. Bolo to 8. septembra 1950. Život v tábore bol ťažký hlavne tým, že spojenie s vonkajškom bolo úplne nemožné.

Vtedy tam bolo asi 100 žandárov a príslušníkov ŠTB a asi 600 rehoľníkov - Jezuiti, Saleziáni, Františkáni, Verbisti, Redemptoristi, Dominikáni, Kapucíni. Život v kláštore - tábore v Podolinci sprevádzali mnohé ťažkosti, strava bola veľmi biedna. Až na druhý rok sa trochu zlepšila, keď dovolili prijímať balíky a návštevy. Tým sa zlepšila aj izolácia väzňov. Pracovalo sa málo a o budúcnosti kolovali rôzne fámy, ako deportácia do Ruska, alebo práca v baniach. Bolo to však len psychologické pôsobenie, ktoré malo navodiť atmosféru strachu, čomu z času na čas napomohli aj žandári, keď niekoho zbili. Po prepustení z tábora v Podolinci v novembri 1951 niektorých bratov povolali do PTP Mimoň. Bol to niekdajší nemecký vojenský tábor - Walhala - pre frontových vojakov, ktorých tu posielali prežiť "pekné" chvíle s nemeckými dievčatami.

Novicov z kláštora vyhnali a klerici museli ísť pracovať na stavby priehrad. Nasledovala služba v PTP. Bratia slúžili na rozličných miestach Čiech a Slovenska až do konca roku 1953. Tých, čo zostali v Bratislavskom kláštore do roku 1952 odviezli do pracovného tábora Králiky. V roku 1961 prebehol s bratmi osobitný súd. Boli odsúdení na 1 až 14 rokov. Posledný kňaz odchádzal z väzenia v máji 1968: bol to páter Vojtech, ktorý si odsedel 8 rokov. No ovocie utrpenia nedalo na seba dlho čakať. Niektorí bratia - kňazi začali slúžiť v diecézach, vo farnostiach. Iní museli ostať v podzemí, pretože zakrátko nastal čas ďalších 21 rokov perzekúcií, až do roku 1989. Napriek hrozbe väzenia pribudli ďalší noví bratia, ktorí boli tajne vysvätení.

Okrem tradičného pôsobenia na farách a v kostoloch súbežne vznikali malé skupinky, spoločenstvá mladých, chodilo sa na púte, stretávalo sa na bytoch a na chatách, chodilo sa do prírody. Duchovné cvičenia boli často spojené s výletmi do krásnych slovenských hôr či s lyžovačkou. Nebol to len krycí manéver pred komunistickou štátnou bezpečnosťou, bolo to čosi prirodzené, spontánne. Bola v tom veľká súdržnosť s jednoduchým ľudom, nikto vtedy nerozlišoval kňaza, terciára, laika: robotník - kňaz pracoval spolu s robotníkom - neveriacim, rehoľník i otec rodiny jedli pri jednom stole. Kapucín pôsobil ako farár, robotník.

Vidieť tu teda dva výrazné aspekty: na jednej strane chátrajúce kláštory a bratia rozptýlení, trpiaci - často i vo väzení, na druhej strane nové povolania, nový duch priťahovaný práve tou skrytou bolesťou a obetou...
Mimo kláštora počas týchto ťažkých rokov zomreli títo bratia: Jozef Polák - kňaz (1952), Adrián Mózer - kňaz (1952), Krizostom Kľúčnik - kňaz (1956), Lukáš Kraus - klerik (1960), Gordon Gajdoš - brat (1960), Sabín Reha - brat (1960), Michal Hacker - brat (1964), Remíg Kokeš - brat (1966), Hilár Párik - kňaz (1977), Hyacint Košťál - brat (1981), Fidél Supek - kňaz (1984), Cyril Kozár - kňaz (1987), Michal Pätoprstý - kňaz (1988).

V bratislavskom kapucínskom kostole bola 8. januára 1990 po "nežnej revolúcii" v novembri 1989 menšia slávnosť. Provinciál rehole Šebastián Jaďuď predstavil pri sv. omši mladých kňazov a bratov kapucínov, ktorí sa sem dostali po dlhých rokoch skrývania a čakania. V kázni poznamenal: "Dnes tu slúžia sv. omšu tí, o ktorých ani rodičia dlho nemohli vedieť, čím sú." Okrem toho výrazne spomenul, že mu pred tromi rokmi Sv. Otec osobne povedal: "Len robte tak ďalej, robte, čo môžete a dôverujte, že ostatné doplní Pán Boh."